学校在知网查重时，可以通过上传论文或文档的方式进行查重。此外，还可以利用知网提供的查重工具，如iThenticate等，进行全文查重以确保学术诚信。

另外，学校在知网查重过程中，还应注意避免抄袭他人作品，保持学术诚信。可以通过调整论文结构、增加引用、修改语言表达等方式降低查重率，提高论文质量。